Leur premier album, The Phantom Agony sort en Juin 2003 et est produit par Sascha Paeth (producteur de Kamelot notamment). Il est dit engagé contrairement à leur second album Consign to Oblivion qui a pour thème la civilisation maya.
En 2007, sort leur 3e album: The Divine Conspiracy , qui allie un son toujours autant mélodique, à une augmentation de la puissance, et un retour à des chansons engagées.
Début 2008, le groupe est contraint d'annuler quatre concerts, qui auraient dû se dérouler en Colombie, à Mexico, et au Royaume-Uni, Simone Simons ayant contracté un SARM (Staphylococcus aureus résistant à la méticilline) pendant la tournée. Les membres espèrent pouvoir réorganiser ces concerts avant la fin de l'année. Simone Simons est remplacée provisoirement par Amanda Somerville pour la tournée américaine[2], sa coach vocale qui participe aussi aux ch½urs féminins sur l'album The Divine Conspiracy.
Finalement, Simone a effectué son retour sur scène avec Epica le 15 mai 2008 à Dordrecht
